La section d'épuration des fumées, qui doit obligatoirement prévoir le refroidissement préalable des gaz à épurer et qui est donc positionnée en aval d'un échangeur de chaleur, est préférablement constituée d'une batterie de filtration à manche précédée d'un réacteur de neutralisation à sec alimenté, au moyen d'un système adéquat de stockage, broyage et dosage, avec des réactifs chimiques spécifiques — généralement bicarbonate de sodium et charbons actifs selon le procédé de chemisorption "Neutrec®" SOLVAY — visant à minimiser surtout les émissions de SO2, HCl, HF et plus en général celles des composants acides, outre que celles des métaux lourds et des composés organiques complexes et chlorés (HAP et dioxines)

Un système automatique de nettoyage (air comprimé à 7 bars en contre-courant commandé par un tableau de commande spécial selon des cycles programmables et en fonction de la dépression différentielle amont - aval des filtres) se charge de maintenir stables et efficaces les procédés de chemisorption et de filtration, ainsi que l'évacuation des fumées ; les vis sans fin au fond du filtre et la vanne de déchargement garantissent l'évacuation des poussières captées et des produits issus du processus de neutralisation.

Un aspirateur final des fumées, équipé de vanne modulante à secteurs radiaux commandée par un système de mesure de la dépression à la sortie de la chambre de post-combustion, garantit leur évacuation régulière, maintenant l'incinérateur à dépression constante et dans la valeur programmée sur l'instrument de réglage.

Une cheminée finale de procédé évacue les fumées dans l'atmosphère à une température supérieure à 130°C (condition qui garantit l'absence de panache visible) à une vitesse d'évacuation à la sortie > 15 m/s.